海南热带海洋学院质量管理与评估办公室于2013年成立，为学校直属业务单位，现有干部7名。主要负责本科教育教学评估、质量监控、专业认证、教学状态数据监测与采集，本科教学质量报告的组织、编制、管理和服务工作，负责学校船员培训质量管理体系的组织、运行与改进工作。

内设教育教学质量监控科、教育教学评估科和专业认证科。船员培训质量管理体系由专业认证科负责。